小说《三体》总共分为三部分：
第一部分交代了小说整个背景，特殊的三体人，意欲占领地球得以生存；
第二部分揭露黑暗森林体系，面壁人与破壁人之间的相互较量，整个地球与三体人的战争。
第三部分扩展到整个宇宙，讲述了人类文明的脆弱与无助。在宇宙黑暗的森林体系下，人类文明为世代延续，而努力奋斗的故事。
叶文洁利用太阳作为天线，向宇宙发出了地球文明的第一声呐喊，以太阳为中心，以光速向宇宙深处飞驰，信息接受的另一边，乃是四光年外的“三体文明”，此时的“三体文明”正在垂死挣扎。
三个不规则运行的太阳，导致三体文明遭遇了100多次毁灭和重生。为了更好的生存下去，他们被迫逃离母星。也就是此时，他们收到了来自地球的信息。
叶文洁对人性的绝望，向三体人暴露了地球的坐标，在按下发射按钮的那一刻，经历过灾难的叶文杰，并没有意识到她的举动，已经彻底改变了人类的命运。
地球的基础科学受到了不正常的干扰，纳米科学家王淼，无意间进入神秘的网络游戏《三体》，开始逐渐接近世界的真相。
当王淼参加一个群员的聚会时，他接触到了地球上为响应三人组的到来而成立的一个秘密组织。
掌握这一重要信息的汪淼，参与了“古筝项目”，地球防卫组织中国区域作战中心，在一定程度上挫败了救世派和降临派，同时也扰乱了人类科学界等众多领域。
地球文明也在这时候明白了三体人的真正目的，他们为了稳定的生存环境，决定入侵地球，人类在三体人的眼里如同蝼蚁。
三体文明使用超级科技，锁定地球人的基础科学后，庞大的三体舰队开启了向地球移动的计划，人类也意识到末日悄然来临，作出一些列的反抗计划。
《三体：黑暗森林》三体人使用魔法技术，利用庞大的宇宙舰队，对太阳系进行了强硬的攻击，意图清除整个地球文明。
地球人类面对前所未有的危机，经历了无数磨难的地球人，迅速组建了同样庞大的太空舰队。
同时，人类利用三体人的致命缺陷“思维透明”，制定了神秘的“并排计划”，挑选了四个“并排人”。暗地里对三体人发动反击。
虽然三体人自己也看不透人类的神秘计谋，但他依靠地球叛逃者挑选的“破墙人”与“侧墙人”玩了一场聪明的游戏。
黑暗森林法则对初中级文明有效，但对于宇宙中的大神文明来说是无效的。这主要是因为【黑暗森林法则】有着局限性。
对于浩瀚宇宙，【黑暗森林法则】太多狭隘，这也是作为
诞生人类罗辑所能理解的极限，【黑暗森林法则】对于整个宇宙来说有着两个明显的破绽。
第一个破绽，【黑暗森林法则】无法对两个不同的维度有效。一个维度的资源，在另一个维度里，完全没有作用，两个维度之间，不存在什么竞争关系。那么对于两个不同维度的文明来说，黑暗森林法则也就没有了作用。
从关一帆一行人进入四维空间与“墓地”对话后，我们才真正知道了不同维度有着不同的文明。而作为三维
诞生的罗辑有着的时代局限性，是没有认识到不同维度有着不同的文明。那么，【黑暗森林法则】也就无法解释不同维度文明的问题。
第二个破绽，【黑暗森林法则】不是宇宙真相，只是宇宙文明的局部演绎。
《三体》后期，宇宙中的大神级之间的战斗已经进入了白热化阶段，已经永久了影响了宇宙，使宇宙原本的十个维度跌落到了三维，二维甚至一维。大神级文明已经大张旗鼓的打起来了，【黑暗森林法则】当然也就不再适用了。
【黑暗森林法则】是以宇宙间争夺资源和猜疑链，以及技术爆炸建立起来的。但不同维度资源无法使用，那么宇宙之间争夺资源就不成立。
对于猜疑链来说，大神文明们已经打得不可开交了，猜疑链还会有吗？技术爆炸说的是弱小文明能够突然赶上高级文明，因此弱小文明也是高级文明的一个威胁。
但是随着技术爆炸有着上限，等文明发展到一定程度后也就不再发展了。因为在《三体》最后，大神文明即便冒着消失的风险，也在呼吁大家把夺走的资源还给宇宙。
如果技术爆炸没有上限，那么大神文明们为何不逃离这个宇宙呢？总之，宇宙把文明发展的上限给卡死了，技术爆炸有了上限。资源争夺和猜疑链对于宇宙来说也不适用了，当然以此为根基的【黑暗森林法则】也就不会作用于像归零者这样的大神文明，归零者当然选择无视了。
《三体：死神永生》与三体文明的战争，让人类第一次看到了宇宙黑暗的真相。
地球文明就像一个因恐惧而诞生的孩子，熄灭了寻找朋友的篝火，在黑夜中瑟瑟发抖。
我想我经历过沧桑，但我刚刚蹒跚学步；我想我已经意识到，生存和竞争的秘密，但是我还远远没有资格竞争。
黑暗森林的进攻，把两个文明的生命都搭上了线，不过是宇宙战场上一个微不足道的小插曲。
地球上没有一个人，能见到真正的星际战争，也不可能看到，因为战争武器和方式，远远超出了人类能够想象的地步。
看到战场就意味着毁灭，宇宙的田园时代一去不复返了，短暂的终极之美终于成了任何一个智慧体都做不到的梦，成为吟游诗人缥缈的残歌，宇宙的自然选择已经到了最糟糕的时刻。
在数亿光年黑暗的战场上，深渊底部的破坏力被唤醒，空间成为死亡的巨大斗篷。太阳系的人永远不会知道这一切，只有两双眼睛会看见真相。
